Tijdens de countdown test ging er van alles mis. Zo bleek er nauwelijks radiocontact mogelijk tussen bemanning en launch control, een gebouw enkele kilometers verderop. Slechts af en toe was er een verstaanbaar woord tussen het gekraak door te horen.
De astronauten lagen dan ook al uren ingesnoerd in hun maanpakken zich af te vragen wat het moest worden met de maanmissies als men dit al niet voor elkaar kon krijgen. 

Om het gewicht van complexe luchtbehandelings-apparatuur te besparen bestond de atmosfeer uit 100% zuurstof, dus zonder stikstof. Na de lancering werd dan de druk verlaagd tot 0,35 bar maar op de grond was de volledige atmosferische druk van 1 bar aanwezig. Zuivere zuurstof is bij die druk in combinatie met brandbaar materiaal ontzettend brandgevaarlijk waardoor een vonk voldoende is om de zaak in lichterlaaie te zetten. 

Die fatale vonk ontstond waarschijnlijk door een kortsluiting in de bedrading.
Voordat men het luik had geopend waren de 3 mannen in de capsule al dood.

Een parlementaire onderzoekscommisie werd aangesteld om de oorzaak van het ongeval te achterhalen. Alle betrokkenen werden verhoord en daaruit bleek dat de coundown-test had plaatsgevonden in een Commando-module die nog volop in aanbouw was. Waarbij monteurs van verschillende bedrijven voortdurend wijzigen aanbrachten in de bedrading, terwijl de één niet wist waar de ander mee bezig was.
Door de tijdsdruk en de enorme groei van de organisatie hadden de NASA en hoofd-aannemer North American Aviation het ontwikkelings-proces niet meer onder controle.
De astonauten verklaarden bovendien dat de Apollo-commandomodule beter aan McDonnell gegund had kunnen worden, de bouwer van de Mercury en Gemini capsules. 

Naar aanleiding van deze eerste doden in de Amerikaanse ruimtevaart is de NASA overgestaptn op lucht tijdens de lancering in plaats van zuurstof, vonkvrije schakelaars en relais, zo veel mogelijk onbrandbare materialen en een nieuw type toegangsluik dat veel sneller te openen was.